化石是游戏中重要的收集与战斗资源，主要用于孵化已灭绝的古代宝可梦。玩家可在月见山和尼比市化石研究所获取两类化石：龟壳化石（复活为化石盔）和贝之化石（复活为菊石兽），以及隐藏的琥珀化石（复活为化石翼龙）。这些化石需送至红莲岛研究所支付费用后完成复活，孵化的宝可梦拥有独特的属性和技能组合，能显著丰富玩家的队伍配置。
化石的核心价值在于其孵化的宝可梦具备不可替代的战斗特性。化石盔进化为镰刀盔后，物理攻防能力突出，擅长水流尾、岩石爆破等物理招式；菊石兽进化为多刺菊石兽则偏向特攻与耐久，可学习水炮和原始之力。化石翼龙作为飞行与岩石系宝可梦，凭借高速度和攻击力成为后期对战的关键角色。这些宝可梦的种族值均在495至515之间，属于中高战力梯队。
从游戏进程来看，化石的获取时机较早。玩家在月见山剧情中击败火箭队研究员后，需在龟壳化石与贝之化石中二选一。龟壳化石更适合追求物理输出的玩家，而贝之化石则适配特攻战术。隐藏的琥珀化石需在尼比市化石研究所后方探索获得，其孵化的化石翼龙综合性能最优，但获取难度较高。化石复活后无法通过升级学习新技能，需依赖招式学习器或回忆技能。
化石系统还承担着完善图鉴的重要功能。菊石兽、化石盔和化石翼龙均为远古宝可梦，收录它们能推进图鉴完成度。部分剧情任务和NPC对话会涉及化石相关背景设定，例如月见山的化石争夺事件揭示了火箭队对古代力量的觊觎。玩家若追求全图鉴收集，需在通关后通过交易补全未选择的化石宝可梦。
战术层面，化石宝可梦的属性搭配具有战略意义。镰刀盔的水/岩石属性可对抗火系与飞行系敌人，多刺菊石兽的水/岩石属性则能压制地面系与火系。化石翼龙的岩石/飞行属性存在电系与冰系弱点，但高速优势可弥补防御缺陷。玩家需根据队伍构成选择化石，例如缺乏水系输出时优先考虑菊石兽，需要速攻手则倾向化石翼龙。
化石系统为口袋妖怪火红提供了多样化的战术选择与收集体验。其设计平衡了稀有度与实用性，使玩家在游戏中期即可获得具备终局潜力的宝可梦。合理利用化石资源能有效降低通关难度，并为对战开拓更多可能性。
